作为一体化示范区建设重点项目，2023年研究院以《水乡客厅近零碳专项规划》为指导进行研究院二期建设，通过校企合作的形式将学校老师的最新科研成果，零碳园区碳足迹信息时空分析、能源数字孪生技术、近零碳建筑、智能网联车路协同、污水资源化利用EOD模式、水体原位生态修复技术等在园区内进行示范展示，实现在研究院内布局综合能源、绿色建筑、智慧交通、环境与资源循环、现代农业五大系统，将一期、二期创建成为以区域性“绿色能源系统”为纽带的近零碳社区，打造成为政产学研协同推进的科创平台、新型技术集成示范园区、系统技术测试验证实验中心、双碳教育科普基地。由于很多碳中和技术处于发展推广阶段，通过二期建设过程中累积的经验，也为水乡客厅近零碳规划实质性落地进行微缩仿真试验。

二期建设于2023年10月底完工，作为长三角一体化示范区四周年现场会考察点，对长三角地区乃至全国碳中和技术示范应用具有借鉴意义。研究院在二期建设完成后，面向示范区两区一县政府、企业组织举办成果发布会，促进示范区重大项目与低碳前沿技术以及行业标杆企业深入交流对接，不断探索示范区业界共治模式，吸引更多优质市场资源参与示范区建设、赋能示范区发展。